Akupunktur sinir sisteminde ağrının iletimini sağlayan kimyasal (nörotransmitter) ve modülatör maddelerin (nöromodülatör) yapımını ve dağılımını yönlendirerek, ağrı duyumunun azalmasını sağlamaktadır. Akupunkturun analjezik etkisinde rol oynayan başlıca nörotransmitterler opioid peptidler ve serotonindir. Elektroakupunkturun hangi frekansda hangi yolağı kullanarak hangi opioid reseptörü etkilediği artık bilinmektedir. Ayıca adrenalin, nitrik oksid, glutamat ve GABA gibi maddelerin de analjezik etkiyi yönlendirdikleri düşünülmektedir. Görüntüleme çalışmalarında beynin çok sayıda bölgesinde (limbik sistem, beyin kökü, beyincik, talamus, hipotalamus vd) değişikliler saptanmıştır.
2003 yılında Dünya Sağlık Örgütü ve ABD Ulusal Sağlık Enstitüsü’nün vardığı karara göre akupunkturun etkinliğinin ispatlandığı ağrılı hastalıklar şunlardır: Baş ağrısı, diz ağrısı, bel ağrısı, boyun ağrısı , diş ağrısı, ameliyat sonrası çekilen ağrı, yüz ağrısı , romatoid artrit ve siyatiğe bağlı ağrılar, safra kesesi koliği, adet ağrısı, mide spazmına bağlı ağrı
Uluslararası ve bağımsız bir kurum olan Cohcrane Foundation tarafından yapılan ve 26 kontrollü çalışmayı (toplam 1151 hasta) kapsayan analizde, akupunkturun baş ağrısında etkili bir tedavi olduğu sonucuna varılmıştır.
Kanada Kemik ve Eklem 2000-2010 Çalışma Grubu, boyun ağrılı hastaların teşhis ve tedavisindeki kuralları delile dayalı tıp çerçevesinde belirlemek üzere oluşturulmuştur. Çalışma Grubunun son makalesinde (2008), boyun ağrısında akupunkturun, egzersizin, hareketin, ağrı kesici ilaçların ve düşük frekanslı lazerin faydalarına değinilmektedir .
Virginia Sağlık Sistemi Üniversitesi Bütünleyici ve Alternatif Tedaviler Bölümünce yayınlanan bir raporda (2008), toplumda sık olarak görülen diz kireçlenmesine bağlı ağrılarda akupunkturun etkinliği değerlendirilmiştir. 1456 hastayı kapsayan 10 kontrollü çalışma değerlendirildiğinde akupunkturun diz ağrısını ve fiziksel fonksiyon bozukluğunu etkili bir şekilde tedavi ettiği ortaya konmuştur.
Duke Üniversitesi Tıp Fakültesi tarafından yayınlanan makalede (2008), ameliyat sonrası çekilen ağrıda akupunkturun rolünün araştırıldığı 15 kontrollü çalışma değerlendirilmiş ve akupunkturun ağrının şiddetini ve morfin gereksinimini anlamlı derecede azalttığı saptanmıştır. Dolayısıyla ameliyat sonrası akupunktur ile ağrı tedavisi gören hastalarda morfin kullanımına bağlı bulantı, baş dönmesi, ağırlık hissi, kaşıntı ve idrar yapamama gibi sorunlar azalmaktadır.